Излишне уплаченный НДС нельзя зачесть в счет погашения недоимки по налогу на имущество организаций. В то же время в данной ситуации налогоплательщик может подать в инспекцию заявление о возврате переплаты по НДС, говорится в письме Минфина от 30.12.11 № 03−07−11/362.
Дело в том, что НДС является федеральным налогом, а налог на имущество организаций — региональным. Поэтому зачет НДС в счет налога на имущество невозможен на основании нормы пункта 1 статьи 78 Налогового кодекса.
Источник: Российский налоговый курьер