С обеспечительного платежа НДС у упрощенца будет при двух условиях

Компании и ИП на УСН с НДС могут брать обеспечительный платеж, например, при сдаче в аренду помещений.

Нужно ли платить НДС с обеспечительного платежа — зависит от того, что этот платеж должен обеспечивать.

Рассчитывать НДС нужно при одновременном соблюдении двух условий:

Договор, по которому получен платеж, предусматривает его зачет для оплаты реализуемых товаров, работ или услуг.

Реализация этих товаров облагается НДС.

Если же договор предусматривает зачет обеспечительного платежа только в счет уплаты неустойки или штрафов за нарушение сроков оплаты, за иные нарушения другой стороны, а также для возмещения убытков упрощенца — начислять НДС с обеспечительного платежа не нужно.

 

klerk.ru